Los sellos son tan importantes como el Chakra. Todo el GenJutsu y NinJutsu necesitan los sellos para ser realizados, pero TaiJutsu no porque no necesita simplemente Chakra. La función principal de un sello es similar a la de palabras mágicas. En vez del discurso de las palabras para activar un encanto, los sellos se utilizan para activar la técnica, y lanzan todo el Chakra recolectado. Los sellos son generalmente de animales, específicamente los animales encontrados en las muestras orientales del zodiaco. Ése es el porqué hay 12 sellos, uno por cada uno de los 12 años encontrados en zodiacos orientales.

Esto es porque si los sellos en un NinJutsu no se realizan correctamente, el Chakra será lanzado incorrectamente y ocurrirá un diverso efecto, probablemente fallando el Jutsu. Los sellos necesitan mucha concentración, porqué las técnicas no pueden ser interrumpidas, o la técnica fallará.